Ono je to tak, že u kusových zásilek se na to většinou kašle, takže se to nepřipočítává. Ten předpis je dělaný spíše na to, když něco kupujete ve velkým a zase to prodáváte, tak aby se DPH odvedlo skutečně z celé částky, tedy i ceny za dopravu. Pokud v některých zvláštních případech dopravu platí odesílatel, tak na dodáku musí být poznámka DDU Praha (DDU Prag), což je pro celníky informace, že nesmí cenu dopravy připočítat.
EDIT: tak koukám, že už je to zase trochu jinak:
https://cs.wikipedia.org/wiki/Incoterms